由于小产权房本身不合法，因而购买小产权房会具备一定的风险：
1、缺少“五证”。“五证”是消费者取得房产证的先决条件，即具备国有土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证及商品房销预售许可证。包括城中村改造在内的房地产项目，如果没有“五证”是不能办理房产证的。尽管“小产权房”一片热销，但众多业内人士却认为，“小产权房”存在诸多风险，最大的问题就是没有产权，不受法律的保护。
2、拆迁难补偿，除了不能办理房产证外，那些“便宜房”实际上属于在政府规定范围以外的违章小产权房是什么意思建筑，如果和国家的规划相冲突，还很有可能被拆除，而且业主也不会得到拆迁安置补偿。
3、质量难保证，房屋质量没人监督，一些开发商为赚钱会偷工减料，存在安全隐患。这类房屋一般由土地所在村开发，除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。
随着我国房地产行业相关法律法规不断完善，小产权房目前已经不是改革开放初期的灰色产业。并且我国目前已经加强了对于小产权房的监管力度，严格限制非法小产权房建设和交易过程，使得想通过小产权房牟取非法利益的黑心房地产开发商无利可图，也就70年产权到期怎么办使得小产权房的市场逐渐萧条。
对于小产权房投资的情况，大部分小产权房虽然可以投资，但是由于小产权房自身各种问题，例如房屋产权不明确，没有国家发放的房产证明，只有乡一级政府发放的乡产权证书，这对小产权房的保值增值方面有着极大的阻碍，所以在投资市场中，小产权房也不如投资传统的商品房。
当面临拆迁时，传统商品房不仅能够有着房屋补偿，甚至还能够收到国家补偿金，而有的小产权房属于违规违章建筑，在面临我国城市规划时，我国法律明确规定违规违章建筑在拆除时不会收到国家的补偿，这就使得小产权房更不值得购买。
