自建房有房产证不能过户的情况：
1、被法院或执法部门查封的房产。 如果你的房子因为特殊原因被查封过，那个房子你就不能随意处置了，因为本来就是不安全的，购房者是不会轻易购买的。
2、有抵押登记的房产。 一般来说，其实首先，未还清贷款的二手房在实际操作中是可以买卖的，但要在前期做好相应的工作。有房贷在身，肯定需要你想办法把房贷还清，这个时候可以申请担保单位。那假如买方的首付款刚好能覆盖我们剩下的房贷，那我们用买方的首付款来还清剩余的房贷，先办贷款结清证明，然后到房产交易中心办理解除抵押登记手续，然后再进行下一步的买卖交易。
3、房产证未满五年的经济适用房。 一般经济适用房会有过户年限的要求，没有到这个时间是不能过户的，经济适用房就是这样。
4、部分安置房 安置房也是商品房，但是有些安置房是要几年后才能上市交易的，有些安置房只要到手就可以交易，这要分情况来看。
5、小产权房 现行法律法规明确，世界上普遍实施土地用管制，所以“小产权房”不会被予以登记。小产权房本就不是被法律承认的，也是不允许买卖的，所以自然是不允许过户的。但是实际上很多人在私底下过户，但小产权房一旦因房屋遇到纠纷、法院往往不予受理。
