办理商铺房产证需要缴纳的费用有：
1、将本人身份证、户口簿（如已婚需提供结婚证，配偶身份证、户口簿）到局档案室查档开具头次购房证明，凭证明到地税局服务大厅交纳契税，此时应缴纳购房发票上金额的4%；
2、凭购房合同到局市场科缴纳住宅专项维修资金。根据购房合同，七层以上含七层标准为80元/㎡，七层以下标准为55元/㎡；
3、凭购房合同到局发证办办理缴纳登记费，标准为住宅80元/套、非住宅500元/套，以及测绘费，标准为住宅1.36元/㎡、非住宅2.04元/㎡；
4、将购房发票、契税发票及相关费用发票原件，身份证、结婚证复印件等资料，交与局交易所建档审批。
